KTM 690 Enduro R - более внедорожная версия эндуро, представленная в 2009 году. Отличалась от стандартной Enduro увеличенным ходом подвески до 275 мм (против 250 мм), оранжевой рамой, облегчённой фарой и приборной панелью без тахометра.
В 2012 году модель получила обновление: двигатель увеличен до 690 см³ (102x84,5 мм), мощность выросла до 68 л.с., ход подвески снижен до 250 мм для уменьшения высоты по седлу. Появилась ABS Bosch.