В 2003 году R6 получил полноценное обновление. Главное новшество - переход от карбюраторов к электронному впрыску топлива (четыре 38-мм дросселя Mikuni), что улучшило отклик и снизило расход. Мощность выросла до 123 л.с. (при 13 000 об/мин) с рам-эром - до 129 л.с.
Рама Deltabox III была изготовлена по новой технологии Controlled Filling (CF) die-cast, что сделало её на 50% жёстче при сборке всего двумя сварными швами (против 16 ранее). Сухой вес снизился до 162 кг. Длина маятника увеличена на 10 мм, trail - до 86 мм. Передняя вилка - 43-мм перевёрнутого типа (впервые на R6). Тормоза - радиальные 4-поршневые суппорты с дисками 298 мм. Новые пятиспицевые колёса.
Конструкторы установили более крупный изогнутый радиатор, увеличив поток воздуха на 30%. Выпуск получил титановый глушитель. Внешность изменилась в сторону старшей R1 - новая оптика с двойными фарами.