В 2017 году Yamaha провела последнее масштабное обновление R6, взяв за основу дизайн и технологии от старшей R1 образца 2015 года. Главное новшество - 6-осевой инерциальный блок (IMU), который управляет пакетом электронных ассистентов: трекшн-контроль (TCS), система контроля подъёма колеса (LIF), контроль скольжения (SCS). Появились ABS и три режима движения D-Mode (Sport, Standard, A). Квикшифтер (QSS) позволяет переключаться вверх без сцепления.
Подвески обновлены: спереди - 43-мм перевёрнутая вилка KYB (ранее 41 мм), как на R1. Сзади - новый амортизатор KYB с отдельным резервуаром. Передние тормоза - 320-мм диски с радиальными 4-поршневыми суппортами (с ABS). Новый алюминиевый бак и магниевый подрамник.
Аэродинамика улучшена на 8% (меньше лобового сопротивления). Дизайн вдохновлён MotoGP-байком YZR-M1: более низкий передний обтекатель, светодиодные фары вытянутой формы. Мощность снижена до 116,8 л.с. из-за соответствия Euro 4, но крутящий момент вырос до 61,7 Н·м при 10 500 об/мин. Высота по седлу - 850 мм, снаряжённая масса - 190 кг.
В 2021 году дорожная версия снята с производства. С 2021 года доступна только трековая версия YZF-R6 Race/GYTR (без фар, зеркал, ABS, но с настроенным ECU и гоночным квикшифтером).