2006 год стал поворотным в истории модели. Yamaha представила полностью новый байк с концепцией "самого быстрого экстремального спортбайка на треке". Двигатель получил короткоходную конструкцию (67x42,5 мм) с титановыми впускными и выпускными клапанами, новыми поршнями и степенью сжатия 12,8:1. Мощность - 127 л.с. при 14 500 об/мин (с рам-эром до 133 л.с.).
Главная инновация - система YCC-T (Yamaha Chip Controlled Throttle) - первая в мире электронная система управления дросселем на серийном мотоцикле. Она обеспечивает мгновенный отклик и плавную кривую крутящего момента. Система использует три микропроцессора в одном блоке ECU, реагируя на изменения за 1/1000 секунды.
Шасси - новая рама Deltabox (гибрид литья и штамповки), 41-мм перевёрнутая вилка с раздельной регулировкой сжатия (быстрый/медленный ход). Проскальзывающее сцепление (slipper clutch) предотвращает блокировку заднего колеса при резких переключениях вниз. Глушитель перенесён под двигатель (midship) для централизации массы. Передние тормоза - радиальные 4-поршневые суппорты с 310-мм дисками.
Стоит отметить "проблему тахометра" 2006 года: Yamaha заявила красную зону 17 500 об/мин, но реальное ограничение ECU составляло 15 800 об/мин. Производитель признал ошибку и предложил выкуп мотоцикла недовольным клиентам.