В 2008 году Yamaha оснастила R6 системой YCC-I (Yamaha Chip Controlled Intake) - изменяемой длиной впускного коллектора, впервые представленной на R1. Система переключает длину впускного тракта на высоких оборотах, оптимизируя наполнение цилиндров. Степень сжатия поднята до 13,1:1. Мощность достигла пика в 129 л.с. - рекорд для дорожной версии R6.
Внешность обновлена: более острая передняя часть обтекателя, изменённые боковые панели для улучшения аэродинамики и отвода горячего воздуха от радиатора. Колёсная база - 1380 мм, высота по седлу - 850 мм. Новый магниевый подрамник снизил вес задней части. Передние тормоза - увеличенные 310-мм диски.