Yamaha WR250R дебютировала в 2008 году как полностью дорожно-внедорожный мотоцикл (dual-sport), пригодный для эксплуатации как на асфальте, так и на бездорожье. В отличие от WR250F, эта версия имеет 4-клапанную головку DOHC с двумя титановыми впускными и двумя стальными выпускными клапанами, электронный впрыск топлива (Mikuni 38 мм) и 6-ступенчатую коробку передач с широким диапазоном. Двигатель - с wet sump смазкой, электростартер (без кикстартера).
Максимальная мощность - 30,3 л.с. (22,6 кВт) при 10 000 об/мин, крутящий момент - 23,7 Н·м при 8 000 об/мин. Рама - стальная полудуплексная (semi-double cradle). Подвеска: 46-мм перевёрнутая вилка с ходом 269 мм, задний моноамортизатор с ходом 269 мм. Тормоза: передний 250-мм диск, задний 230-мм диск. Колёса: 21" переднее, 18" заднее.
За 12 лет производства модель практически не менялась - обновления ограничивались цветами и графикой. В 2020 году Yamaha объявила о снятии WR250R с производства, последний модельный год - 2020.