В 2007 году Yamaha WR250F получила алюминиевую раму, заменившую стальную. Диаметр передней вилки увеличен до 48 мм, задний амортизатор - полностью регулируемый с ходом 315 мм. Снаряжённая масса снижена. Высота седла уменьшена с 998 до 980 мм. Колёсная база сократилась до 1480 мм.
Двигатель остался прежним - 249 см³, 5-клапанный DOHC, карбюратор Keihin, 5-ступенчатая КПП. В 2009 году были обновлены настройки подвески и CDI-блок. Цвет двигателя и крышек изменён с серого на чёрный. Усовершенствовано сцепление.
К 2014 году модель устарела как технически, так и визуально, и уступила место полностью новому поколению 2015 года с впрыском и 6-ступенчатой коробкой.