Первое поколение Yamaha WR250F дебютировало в 2001 году и стало первым высокопроизводительным 250-кубовым четырёхтактным эндуро на рынке. Мотоцикл создан на базе кроссового YZ250F и адаптирован для эндуро-соревнований. Двигатель - 249 см³, DOHC, 5 титановых клапанов (3 впускных, 2 выпускных), 12,5:1, карбюратор Keihin FCR-MX37.
Рама - стальная полудуплексная (semi-double cradle), подвеска - 48-мм перевёрнутая вилка и маятник с моноамортизатором. Тормоза: передний 250-мм диск, задний 240-мм диск. Колёса: 21" переднее, 18" заднее. Объём бака 8 литров (с 2003 года увеличен до 10 л). Пуск - электростартер и кик-стартер.
В 2003 году добавлен автоматический декомпрессор на выпускном распредвале, переработан выпускной кулачок.
В 2005 году рама стала уже и легче, объём бака уменьшен с 10 до 8 литров.