В 2018 году Yamaha WR250F получила существенную модернизацию двигателя, повторяющую обновления кроссового YZ250F 2017 года. Мощность и крутящий момент возросли примерно на 15% за счёт новой головки цилиндра, более агрессивных распредвалов и оптимизированной системы впуска. Подвеска перенастроена для более прогрессивной работы, усилены тормоза. Добавлены элементы защиты: усиленная защита картера и новые пластиковые накладки.
Дополнительно установлены новые двухкомпонентные ручки Renthal, обновлён дисплей. В 2020-2021 годах изменения ограничились графикой и цветами. Объём бака - 7,5 л, сухая масса - 118 кг.