Третье поколение Yamaha Jog (CY50/3KJ) вышло в 1989 году и стало настоящим прорывом. Скутер получил новый горизонтальный двухтактный двигатель Minarelli (модель 3KJ) мощностью 6,8 л.с. при 7000 об/мин и крутящим моментом 7,0 Н·м при 6500 об/мин. Главное новшество - вместительный отсек под сиденьем, позволяющий разместить шлем.
В 1990 году появилась спортивная версия Jog Sport (3RY) с передним дисковым тормозом. Объём топливного бака - 3,5 л. Сухой вес - 60 кг. Размер шин - 80/90-10. Двигатель 3KJ стал одним из самых популярных в мире и использовался во многих моделях Yamaha и других производителей.
В рекламе модели был задействован британский поп-дуэт Bros, что обеспечило скутеру огромную популярность среди молодёжи. Производство третьего поколения превысило 1,5 миллиона единиц.