В середине 1990-х годов DT125R получила ряд обновлений. Основные изменения коснулись системы впуска: вместо VM24SS был установлен карбюратор Mikuni TM28SS увеличенного диаметра. Передаточные числа главной передачи были изменены (57/16 вместо 53/17), что улучшило динамику. Мотоцикл также получил обновлённую приборную панель и изменённую графику.
Модель продолжала выпускаться вплоть до 2002 года, постепенно адаптируясь к экологическим нормам. Двигатель сохранил прежние характеристики: объём 123 см³, мощность около 14 л.с., 6-ступенчатую КПП и систему YPVS.