Yamaha DT125R появилась в 1988 году как глубоко модернизированная версия. Мотоцикл получил полностью новый дизайн, передний дисковый тормоз (230 мм), систему YPVS (Yamaha Power Valve System), оптимизировавшую выходную мощность двухтактного двигателя. Задняя подвеска - Monocross с link-системой.
Двигатель - двухтактный одноцилиндровый объёмом 123 см³ (56×50 мм), жидкостного охлаждения, мощность - 14 л.с. при 6500 об/мин, крутящий момент - 15,2 Н·м. Коробка передач - 6-ступенчатая. Степень сжатия - 6,8:1.
С 1990 года задний барабанный тормоз был заменён дисковым (220 мм). Высота по седлу - 840 мм, колёсная база - 1360 мм, снаряжённая масса - около 119 кг.