В 2006 году Suzuki представила полностью новый GSX-R600. Двигатель был полностью переработан, хотя сохранил прежние размеры цилиндра и поршня 67.0 x 42.5 мм. Мощность выросла до 121-125 л.с. (в зависимости от рынка). Появилось проскальзывающее сцепление (slipper clutch), облегчающее агрессивные переключения на понижение.
Глушитель был перенесён под двигатель (underslung exhaust), что улучшило центр тяжести и аэродинамику. Рама из пяти литых алюминиевых секций стала легче на 1.1 кг. Сухая масса снизилась до 161 кг. Высота по седлу уменьшилась до 810 мм.