В 2001 году Suzuki провела серьёзное обновление GSX-R600. Главным нововведением стала система электронного впрыска топлива Suzuki Dual Throttle Valve (SDTV), которая пришла на смену карбюраторам. Размеры цилиндра и поршня были изменены на 67.0 x 42.5 мм, что дало более высокооборотистый характер двигателя. Степень сжатия выросла до 12.2:1.
Мощность двигателя увеличилась примерно до 118 л.с. Новая алюминиевая рама стала легче и компактнее. Сухая масса снизилась до 163 кг. В 2003 году вышла ограниченная серия Alstare Edition (1500 экземпляров) с гоночной графикой команды Alstare Engineering.