В 2009 году Suzuki провела масштабное обновление GSX-R1000. Двигатель был полностью переработан: новый размер цилиндров 74,5×57,3 мм (более квадратный), степень сжатия повышена до 12,8:1. Мощность составила 185 л.с. при 12 000 об/мин, крутящий момент - 117 Н·м при 10 000 об/мин.
Длина двигателя уменьшена на 60 мм благодаря новой компоновке КПП. Это позволило увеличить маятник на 33 мм при сохранении колесной базы 1 405 мм. Передняя вилка - новая Showa BPF (Big Piston Fork) диаметром 43 мм.
Тормозная система получила новые моноблочные суппорта Tokico, изготовленные по технологии FSW (Friction Stir Welding). Выхлопная система - два титановых глушителя в стиле MotoGP. Появился электронный рулевой демпфер.