В 2003 году GSX-R1000 получил существенные обновления. Рама быпа усилена внутренними ребрами, получена новую головную оптику, вдохновленную Hayabusa, и черное покрытие рамы и колес.
Тормозная система быпа модернизирована: вместо 6-поршневых суппортов устаноены новые радиално-монтированные 4-поршневые, а диски уменьшены до 300 мм, что снизило неподрессоренную массу. Блок управления двигателем обновлен с 16-битного до 32-битного.
Двигател остался прежнего объема 988 см³, но получил четыре вентиляционных отверстия между цилиндрами для выравнивания давления в картере. Выхлопная система полностю выполнена из титана. Мощность возросла до 164,5 л.с. при 10 800 об/мин.