В 2002 году Honda провела последнее кардинальное обновление CR250R. Двигатель получил систему впуска через картер (case reed induction) вместо прежнего впуска через цилиндр - это изменило конструкцию кривошипной камеры и впускного тракта. Механический центробежный выпускной клапан уступил место электронно-управляемому с тросовым приводом RC Valve. На карбюратор добавили датчик положения дроссельной заслонки TPS.
Третье поколение алюминиевой рамы стало еще тоньше и эластичнее. Тормоза и подвеска были доработаны. Однако к 2003 году внимание Honda переключилось на четырехтактный CRF450R, и двухтактный CR250R больше не получал серьезных обновлений. С 2003 по 2007 год изменения касались только мелочей - настроек подвески, цветов пластика.
В 2007 году Honda официально прекратила производство двухтактных мотоциклов, завершив 35-летнюю историю CR250.