В 2004 году XJR400R получил последнее обновление (заводское обозначение 4HMH). Были проведены доработки внутренней структуры глушителя и системы зажигания для снижения шума и улучшения экологических показателей, что также повысило ускорение в диапазоне низких и средних оборотов. Модель оснастили системой иммобилайзера. Приборная панель была заменена на более крупную - от модели XJR1300.
В 2007 году производство модели было прекращено из-за введения новых экологических норм. Воздушное охлаждение не позволяло соответствовать требованиям по выбросам - мотор требовал более богатой топливной смеси для охлаждения, что увеличивало выбросы. Однако официальные продажи оставшихся на складах экземпляров продолжались до 2008-2009 годов.