В 1998 году XJR400R получил второе поколение (заводское обозначение 4HM9). Главные изменения: топливный бак увеличен с 18 до 20 литров, появилась новая цифровая приборная панель, переработан задний обвес, добавлены кожухи передней вилки. Цвет двигателя изменился с чёрного на серебристый. Было изменено сиденье.
В 1999-2000 годах модель не получала существенных технических изменений. В 1999 году появился новый чёрный цвет с чёрным глушителем, в 2000 году - белый цвет с чёрным двигателем и выхлопом. Снаряжённая масса выросла до 198 кг. Задняя подвеска - по-прежнему амортизаторы Öhlins, тормоза - Brembo.