В 1995 году модель получила серьёзное обновление и сменила название на XJR400R (заводские обозначения 4HM3, 4HM4). Передние тормоза были заменены на 4-поршневые золотистые суппорты Brembo. Поршни и шатуны были усилены, доработаны система зажигания и выпуск. Пружины задних амортизаторов Öhlins стали жёлтыми - это стало отличительным знаком версии R.
В 1996 году вышла ограниченная серия XJR400R2 (4HM5-4HM7) с передним обтекателем, прямоугольной фарой, цифровой приборной панелью и матово-чёрным глушителем. Из-за низкого спроса (в том же году Honda выпустила CB400 Super Four Version R) серия была быстро снята с производства. В 1997 году выпуск XJR400R не осуществлялся.