В 1993 году Yamaha представила базовую версию XJR400. Мотоцикл оснащался рядным четырёхцилиндровым двигателем воздушного охлаждения объёмом 399 см³, четырьмя карбюраторами Mikuni BSR30 и 6-ступенчатой коробкой передач. Двигатель выдавал 53 л.с. при 11000 об/мин и 34,3 Нм крутящего момента при 9500 об/мин.
Передняя подвеска - 41 мм телескопическая вилка, задняя - два амортизатора с регулировкой предварительной затяжки. Тормозная система включала два передних диска 298 мм с двухпоршневыми суппортами и один задний диск 245 мм. Топливный бак вмещал 18 литров (включая 3 литра резерва). Сухая масса составляла 175 кг.