Модель Yamaha XJ900 дебютировала в 1983 году как развитие серии XJ, начатой с XJ 650. Изначально мотоцикл оснащался 853-кубовым двигателем и получил кодовое обозначение 31A. Из-за критики управляемости рулевая полуобтекатель был заменён на рамный обтекатель. В 1984 году выпущена версия с увеличенным до 891 см³ мотором (код 58L), более традиционной вилкой и штатным брызговиком-обтекателем снизу. Производство продолжалось до 1994 года.
В 1994 году на смену пришло новое поколение - XJ900S Diversion, которое выпускалось до 2004 года. Модель получила увеличенный до 892 см³ двигатель, модернизированную раму, увеличенный топливный бак (24 л) и новую приборную панель. Также существовала туристическая версия XJ900GT с большим обтекателем и штатными кофрами Krauser. Мотоцикл широко использовался полицией в различных странах, для чего выпускалась специальная модификация XJ900P.
