Yamaha TT600RE выпускалась с 2003 по 2007 год как замена версии R. Главное отличие - электростартер вместо кикстартера. Для размещения аккумулятора и стартера пришлось пожертвовать ходами подвесок - они были уменьшены до 230 мм спереди и сзади. Подвески - нерегулируемые телескопические вилки Yamaha спереди и моноамортизатор сзади. Высота по седлу снижена до 890 мм, дорожный просвет - до 280 мм.
Двигатель - тот же 595-кубовый одноцилиндровый SOHC (42,2 л.с. при 6500 об/мин, 48–50 Н·м при 5000 об/мин). Карбюратор - Teikei Y30PV. Сухой вес вырос до 153 кг из-за установки стартера и батареи. Максимальная скорость - 155 км/ч. Расход топлива - около 5,2 л/100 км. Колёса - San Remo вместо Takasago. Тормоза - дисковые (267 мм спереди, 220 мм сзади).
Модель была ориентирована на дорожное использование и лёгкое бездорожье. В 2007 году производство TT600 было прекращено - эстафету приняла более тяжёлая XT660Z Ténéré. Тем не менее TT600RE остаётся востребованной на вторичном рынке благодаря простоте и надёжности.