Yamaha TT600 второго поколения (код 59X) выпускалась с 1985 по 1988 год. Главным изменением стала замена переднего барабанного тормоза на одно-дисковый механизм диаметром 310 мм - это существенно улучшило эффективность торможения в сложных условиях бездорожья. Задний тормоз также стал дисковым - диаметром 270 мм. Подвески остались прежними - 43-мм телескопическая вилка и задний моноамортизатор, но была увеличена жёсткость пружин.
Ёмкость топливного бака выросла до 13 литров, что увеличило запас хода. Двигатель остался прежним - 595 см³, 45 л.с. при 6500 об/мин. За счёт установки более тяжёлых дисковых тормозов и усиления некоторых элементов рамы сухой вес вырос до 138 кг. Высота по седлу сохранилась на уровне 935 мм.
Максимальная скорость версии 59X составляла около 146 км/ч. Разгон на четверти мили - 13,8 секунды. Тормозной путь со скорости 60 км/ч до 0 - 16,6 метра. Эта модификация считается переходной - конструкторы постепенно отходили от концепции спартанского офф-роудера в сторону более универсального мотоцикла.