Yamaha TT600R (код DJ01/5CH) выпускалась с 1998 по 2002 год и стала вершиной эволюции модели. Мотоцикл был полностью переработан: использовался двигатель XT600 3TB, но доработанный - уменьшенная на 30 мм ширина мотора, облегчённые маховик и коленвал, увеличенные карбюраторы Teikei YDIS и впускные тракты. Воздушный фильтр - быстросъёмный пенополиуретановый объёмом 8 литров. Мощность - 42–43 л.с. при 6500 об/мин, крутящий момент - 50 Н·м при 5000 об/мин.
Подвеска - полностью регулируемая: 46-мм телескопическая вилка Paioli спереди и амортизатор Öhlins сзади (ход 280 мм спереди и сзади). Тормоза - Brembo с армированными стальными шлангами. Маятник - алюминиевый Deltabox. Колёса - алюминиевые Takasago. Руль - Tomaselli, крепления - Domino. Сухой вес - 131 кг. Высота по седлу - 945 мм. Колёсная база - 1500 мм.
Для запуска двигателя использовался только кикстартер - никакой электрики. Максимальная скорость - 155 км/ч, разгон 0–100 км/ч - 5,5 секунды. Расход топлива - около 5,9 л/100 км.