В 2025 году Yamaha представила версию MT-09 с автоматизированной механической трансмиссией Y-AMT (Yamaha Automated Manual Transmission). Система позволяет переключать передачи двумя способами: в ручном режиме MT (подрулевыми лепестками на левой ручке - на себя повышение, от себя понижение) и в полностью автоматическом AT с двумя подрежимами (D - городской, D+ - спортивный).
Технически это та же 6-ступенчатая механическая коробка, но сцепление и переключение управляются сервоприводами. Система добавила около 3 кг к снаряжённой массе - 196 кг против 193 кг у базовой версии. В остальном характеристики идентичны четвёртому поколению: двигатель 890 см³, 119 л.с., 93 Н·м, 5-дюймовый TFT, круиз-контроль, полная электроника.
Y-AMT также доступна на MT-07 и Tracer 9 GT+. Система пригодится для ежедневных поездок в городском трафике, сохраняя при этом спортивный характер.