Третье поколение MT-09, представленное в октябре 2020 года, стало самым значительным обновлением за всю историю модели. Двигатель CP3 получил увеличенный с 847 до 890 см³ рабочий объём (ход поршня вырос с 59,1 до 62,1 мм при неизменном диаметре 78 мм). Мощность поднялась до 119 л.с. при 10 000 об/мин, крутящий момент - до 93 Н·м при 7 000 об/мин.
Стальная рама уступила место новой алюминиевой Deltabox, что снизило вес и повысило жёсткость. Появился 6-осевой инерциальный блок (IMU), управляющий системами: lean-sensitive TCS, Slide Control System (SCS), Lift Control System (LIF), Brake Control (BC). Установлен полноцветный 3,5-дюймовый TFT-дисплей. Квикшифтер получил функцию работы на понижение. Снаряжённая масса снизилась до 189 кг.