Четвёртое поколение MT-09 дебютировало в конце 2023 года. Третье поколение оказалось настолько удачным, что Yamaha сосредоточилась на доработке деталей: новый дизайн с круглой проекционной LED-фарой и боковыми ходовыми огнями в форме буквы Y, 5-дюймовый TFT-дисплей (вместо 3,5-дюймового), круиз-контроль в базовой комплектации.
Тормозная система усилена радиальным главным цилиндром Brembo. Добавлены два пользовательских режима YRC вдобавок к трем заводским (Sport, Street, Rain). Внедрена система Back Slip Regulator (BSR). Квикшифтер третьего поколения. Переработана конструкция воздушного фильтра для улучшения звука впуска.
Двигатель CP3 890 см³ сохранил характеристики (119 л.с., 93 Н·м), но адаптирован под стандарт Euro 5+. Снаряжённая масса выросла до 193 кг за счёт дополнительного электронного оборудования. Передняя подвеска получила жёсткие пружины (15 Н·м вместо 14 Н·м), задняя - новые настройки демпфирования.