Первое поколение Yamaha MT-09 дебютировало в конце 2013 года как модель 2014 года. В США продавалось под названием FZ-09. Мотоцикл оснащался 847-кубовым рядным трёхцилиндровым двигателем CP3 мощностью 115 л.с. при 10 000 об/мин и крутящим моментом 87,5 Н·м при 8 500 об/мин. Стальная рама Diamond, 41-мм перевёрнутая вилка KYB с регулировкой преднатяга и отбоя, задний моноамортизатор. Снаряжённая масса составляла 188 кг (191 кг с ABS).
Мотоцикл получил три режима работы двигателя (A, Standard, B) и систему ride-by-wire YCC-T. Однако ранние версии страдали от резкой реакции на газ, особенно в режиме A. В 2015 году Yamaha выпустила обновление прошивки ECU, а в 2016 году для Европы добавила трёхуровневую систему контроля тяги.