MT-09 SP был представлен на EICMA 2017 как топ-версия модели. Главное отличие - задний амортизатор Öhlins S46HR1C1S с удалённым регулятором преднатяга пружины. Передняя вилка KYB получила возможность раздельной регулировки сжатия и отбоя на обеих ногах (вместо распределения функций по ногам на базовой версии).
Дизайн заимствован у MT-10 SP и R1M: окраска Silver Blu Carbon, синие колёса, синяя прострочка седла. Приборная панель с белыми символами на чёрном фоне. Двигатель и рама без изменений - 847 см³, 115 л.с., стальная рама Diamond. Снаряжённая масса 193 кг.