В 2012 году KTM объединила стандартную модель Super Duke и версию R в одну - KTM 990 Super Duke R. Модель получила двигатель мощностью 125 л.с. (92 кВт), оранжевую раму, улучшенную подвеску WP с покрытием TiAlN, рулевой демпфер и обновлённую приборную панель с квадратными кнопками вместо круглых.
Мотоцикл выпускался только в белом цвете с оранжевой рамой. Производство завершилось в 2013 году, после чего на смену пришёл KTM 1290 Super Duke R с совершенно новым двигателем объёмом 1301 см³.