В 2007 году KTM 990 Super Duke получил значительное обновление. Главные изменения: увеличенный топливный бак с 15 до 18,5 литров, радиальные тормозные суппорты Brembo вместо осевых, обновлённая приборная панель, новая оптика и обтекатели. Угол наклона рулевой колонки был изменён с 66,5° до 66,1° для улучшения управляемости.
Система электронного впрыска топлива была доработана для улучшения отклика дроссельной заслонки и соответствия нормам выбросов. Мощность незначительно выросла - до 122 л.с. Доступные цвета: Orange, White, Olive и Glossy Black.