KTM 990 Super Duke R был представлен в 2007 году как более спортивная версия стандартного Super Duke. Главные отличия: форсированный до 132 л.с. двигатель (на моделях 2008-2011), выхлопные коллекторы Akrapovic, оранжевая рама, одноместное сиденье (monoposto), улучшенная подвеска WP с покрытием TiAlN, линейный рулевой демпфер, слайдеры осей и чёрные суппорты.
Угол наклона рулевой колонки был изменён до 67,3°, ход задней подвески уменьшен до 150 мм. Модель выпускалась в матово-чёрном (2007-2008) и белом (2009-2011) цветах.