В 2003 году KTM представила обновлённую версию 400 EXC Racing. Мотоцикл получил новый задний подрамник, изменённый воздушный фильтр, новое заднее крыло и боковые панели. Первичное передаточное число было изменено с 30:81 на 33:76.
Двигатель сохранил прежний объём 398 см³, но степень сжатия была изменена до 11,0:1. Мощность осталась на уровне 44 л.с. при 8000 об/мин. В 2005 году модель получила новую раму, улучшившую управляемость. С 2007 года EXC Racing стала доступна в полноценной дорожной версии для США.