В 2008 году KTM представила полностью обновлённую версию 400 EXC с новым двигателем XC4. Рабочий объём был уменьшен до 393,4 см³ за счёт новой конфигурации 95x55,5 мм (большой диаметр цилиндра, короткий ход поршня). Мощность осталась на уровне 44 л.с. при 8000 об/мин.
Мотоцикл получил новую раму с изменённой геометрией, 48-мм перевёрнутую вилку WP (вместо 43-мм) и новый задний амортизатор WP PDS. Высота по седлу увеличилась до 985 мм, колёсная база сократилась до 1475 мм. Сухой вес составил 113,9 кг.