Второе поколение KX450F (код KX450-E) вышло в 2009 году и получило кардинальные изменения. Главное новшество - электронный впрыск топлива DFI с 43 мм дроссельной заслонкой Keihin, что устранило необходимость в настройке карбюратора. Система не требует аккумулятора - запуск осуществляется кик-стартером.
Двигатель стал компактнее (высота головки уменьшена с 105 до 100 мм). Степень сжатия повышена до 12.5:1. Новая алюминиевая рама легче на 0.8 кг. Вилка KYB AOS 48 мм получила DLC-покрытие для снижения трения. Смещение вилки уменьшено с 24 до 23 мм. Задний амортизатор Kayaba получил поршень 50 мм (вместо 46 мм).