В 2006 году Kawasaki представила полностью обновлённый KX250F (код рамы KX250-T), разработанный самостоятельно без участия Suzuki. Модель получила новую алюминиевую периметральную раму, значительно переработанный двигатель, новые подвески Showa и руль Renthal.
Двигатель сохранил объём 249 см³, но степень сжатия была повышена до 13,5:1. Система питания - карбюратор Keihin FCR37. Мощность - 43 л.с. при 11500 об/мин, крутящий момент - 30 Н·м при 9000 об/мин.
Передняя подвеска - 47 мм перевёрнутая вилка Showa с ходом 315 мм. Задняя подвеска - Uni-Trak с ходом 310 мм. Колёсная база - 1469 мм. Высота по седлу - 960 мм (2006) / 955 мм (2007-2008). Дорожный просвет - 372 мм (2006) / 335 мм (2007-2008).