В 2002 году Honda представила CB400SF Hyper VTEC Spec II. Главное изменение - порог срабатывания VTEC был снижен с 6750 до 6300 об/мин на всех передачах, что позволило чаще ощущать работу системы. Был обновлен щиток приборов с LCD одометром и часами, добавлена система иммобилайзера HISS.
Тормозные суппорты и масляный фильтр были позаимствованы у CBR900RR для снижения веса. Улучшена шумоизоляция воздушного фильтра. Вес увеличился на 1 кг по сравнению с Spec I.