В 1999 году Honda провела полное обновление CB400 Super Four, представив модель с системой Hyper VTEC (NC39). Главное новшество - система изменения фаз газораспределения, которая отключает по одному впускному и выпускному клапану на цилиндр при оборотах ниже 6750 об/мин. Это улучшило тягу на низких и средних оборотах, а также экономичность.
Колесная база была уменьшена на 40 мм (до 1415 мм), высота по седлу снижена до 760 мм. Передняя подвеска позаимствована у CBR900RR. Вес снизился на 6 кг по сравнению с предыдущим поколением. В 2000 году был усилен замок зажигания для защиты от угона.