Для 2000 модельного года Fat Boy получил новый двигатель Twin Cam 88B объёмом 1450 см³ с внутренним балансиром, разработанный специально для рамы Softail. Внешний облик модели при этом почти не изменился.
В 2005 году выпускалась юбилейная 15th Anniversary версия со специальным двигателем Screamin' Eagle, особой окраской и эксклюзивными колёсами.