В 2007 году Yamaha выпустила обновленную версию Majesty 400. Внешне скутер остался практически без изменений, но инженеры доработали двигатель: были изменены поршень, блок управления ЭБУ и выпускная система, что обеспечило более плавную подачу мощности.
Сухой вес модели увеличился до 201 кг (против 197 кг у первых версий). Снаряженная масса составляла около 214-215 кг. Технические характеристики двигателя остались прежними: 395 см³, 34-35 л.с. при 7250 об/мин, 36.3 Нм при 6000 об/мин.
В 2007 году также проводились отзывные кампании по замене уплотнения топливного насоса и жгута проводки топливного насоса для моделей 2005-2007 годов выпуска.