В 2012 году Yamaha обновила шестое поколение YZF-R1, добавив долгожданные электронные системы безопасности. Система контроля тяги TCS (Traction Control System) стала стандартным оборудованием, а связанная антиблокировочная система UBS (Unified Brake System) с ABS появилась в качестве опции. Также был обновлён дизайн носовой части обтекателя.
В том же году вышла юбилейная версия 50th Anniversary в цветах мотоцикла MotoGP, победившего на Гран-при Ассена, тиражом 2 000 экземпляров. Модели 2013 и 2014 годов сохранили характеристики без изменений.