Первое поколение Yamaha YZF-R1 (заводской код 4XV) было представлено в 1998 году и произвело настоящую революцию в классе литровых спортбайков. Главной инновацией стала "вертикально сложенная" коробка передач: ведущий вал КПП был расположен выше коленчатого вала, что позволило существенно сократить продольный размер двигателя, укоротить колёсную базу и оптимизировать центр тяжести.
Двигатель - рядная "четвёрка" объёмом 998 см³ с 5 клапанами на цилиндр (DOHC), питание осуществлялось через четыре карбюратора Keihin CV диаметром 40 мм. Мощность составляла 150 л.с. при 10 000 об/мин, крутящий момент - 108,3 Н·м при 8 500 об/мин. Сухой вес - 177 кг.
В 1999 году модель получила незначительные изменения: новую окраску, доработанный механизм переключения передач и уменьшенный объём резервного запаса топлива при сохранении общей ёмкости бака 18 л.