В 1979 году Yamaha представила модификацию XS1100SF Special с узнаваемым стилем "factory custom". От стандартной версии Special отличался поднятым рулём типа "баранка", ступенчатым сиденьем, уменьшенным каплевидным баком на 15 литров и 16-дюймовым задним колёсом с более широкой шиной 130/90-16.
Передняя вилка - с вынесенными вперёд перьями (leading-axle) и воздушными камерами для регулировки жёсткости. Задние амортизаторы - с четырёхпозиционной регулировкой отбоя и пятипозиционной регулировкой преднатяга пружин. Снаряжённая масса - около 258 кг (на 16 кг легче стандарта за счёт меньшего бака и глушителей). Угол наклона вилки (Rake) - 29,5°.
Special стал бестселлером на рынке США. В 1980 году вышла лимитированная версия Midnight Special с чёрной отделкой и позолотой.