С 1980 года Yamaha внесла изменения в двигатель XS1100 для соответствия ужесточённым нормам EPA. Степень сжатия была снижена с 9.2:1 до 9.0:1, при этом диаметр впускных клапанов увеличен с 36 до 38 мм, выпускных - с 31 до 32 мм. Изменены профили и фазы газораспределения распредвалов, а также жиклёры карбюраторов (главные жиклёры центральных цилиндров - 115, внешних - 120). Жиклёры холостого хода стали нерегулируемыми.
Транзисторная система зажигания стала нерегулируемой, кикстартер был убран. По данным тестов, динамика разгона ухудшилась - четверть мили не удавалось пройти быстрее 12 секунд. Мощность на бумаге осталась 95 л.с., но фактическая отдача снизилась примерно на 2%.