Второе поколение Yamaha Cygnus X (New Cygnus X) было представлено в 2006 году с полностью новым дизайном (разработчик - Иссики Томоюки). Скутер стал крупнее и тяжелее предшественника. Двигатель сохранил тот же объём (124 см3), но получил доработки. В 2007 году карбюратор Keihin был заменён на электронный впрыск топлива Mikuni, что позволило улучшить запуск и снизить расход топлива.
С 2008 года, с введением стандарта Euro 3 / 5期 Taiwan, в систему впрыска добавлен кислородный датчик (лямбда-зонд), а также появилась двойная тросовая система газа (ride-by-wire). Задний фонарь стал светодиодным, оптика - с затемнённым плафоном. Модельный код версии с 2008 года - NXC125LA.
В 2010 году проведено обновление: установлен волновой передний тормозной диск, добавлены выдвижные задние подножки и боковые катафоты. Появились две версии - Sport (с затемнённой оптикой) и Luxury (с розово-золотистой оптикой). Цифровая приборная панель получила смену цвета подсветки (оранжевый, белый, зелёный). Колёсная база была немного сокращена. Модельный код - NXC125M.
В 2011 году выпущена лимитированная серия 帝黑紀念版 (Imperial Black Edition) тиражом 500 штук. Всего к 2011 году в Тайване было продано 270 000 скутеров Cygnus X.