Yamaha FZ6, также известный как FZ6 Fazer, был представлен в 2004 году и пришёл на смену модели FZS600. Мотоцикл построен вокруг двигателя от YZF-R6 (2003), но с перенастроенными распредвалами и изменёнными впускными каналами для более мощной тяги на средних оборотах. Рядный четырёхцилиндровый двигатель объёмом 600 см³ выдаёт 98 л.с. и 63,1 Н·м крутящего момента.
Модель предлагалась в двух versions: полуобтекаемая FZ6-S Fazer и полностью голая FZ6-N. Особенности: алюминиевая рама Controlled Fill, 43-мм вилка, подвеска Monocross, групповой впрыск топлива, выпускной коллектор под седлом. Мотоцикл оснащался 6-ступенчатой коробкой передач и цепным приводом.
В 2007 году вышло обновление S2 с новыми 4-поршневыми моноблочными тормозными суппортами, изменённым маятником, новой приборной панелью от FZ1, трёхходовым катализатором (Euro 3) и опциональной ABS. Производство завершилось в 2009 году, на смену пришли модели FZ8 и FZ6R.