В октябре 2006 года Yamaha анонсировала обновлённую версию FZ6, получившую обозначение S2 (Spec 2). Изменения затронули ходовую часть, тормозную систему, электронику и эргономику. Главное новшество - 4-поршневые моноблочные тормозные суппорта, пришедшие на смену 2-поршневым скользящим. Новый алюминиевый маятник коробчатого сечения повысил жёсткость задней подвески.
Приборная панель заимствована у старшей модели FZ1: аналоговый тахометр и цифровой спидометр. Полуобтекатель Fazer получил новый дизайн с изменённым ветровым стеклом. Вилка получила покрытие alumite и изменённые настройки демпфирования. Установлен трёхходовой катализатор, обеспечивающий соответствие нормам Euro 3. В 2008 году передняя часть обтекателя стала чёрной вне зависимости от цвета мотоцикла, а в 2009 году более комфортное седло вошло в стандартную комплектацию.