Yamaha AT1M (в каталогах запчастей обозначается как ATM1) - мотокроссовая версия модели AT1, выпускавшаяся параллельно с дорожной серией. Главное отличие - форсированный двигатель со степенью сжатия 7,5:1 (против 7,2:1 у дорожной версии), что обеспечивало более высокую мощность - около 14-15 лошадиных сил.
Мотокроссовая модификация не имела дорожного оборудования: отсутствовали фара, задний фонарь, спидометр и зеркала. Конструкция была облегчена за счёт удаления лишних деталей. Подвеска и рама остались аналогичными дорожной версии, но настройки могли отличаться для лучшей работы в условиях бездорожья.
Обозначение ATM1 используется в оригинальных каталогах запчастей Yamaha для этой модификации.