Третье поколение Suzuki GSX-R400 (заводской код GK73A) выпускалось с 1988 по 1989 год. Модель получила новую алюминиевую раму Dual Cell-ALBOX повышенной жёсткости (примерно на 50% жёстче предыдущей), новый дизайн обтекателей и укороченную колёсную базу 1375 мм. Вес увеличился до 160-162 кг из-за усиленной рамы и новой выхлопной системы.
Двигатель вернулся к полноценному жидкостному охлаждению (без SATCS). Диаметр цилиндра 56,0 мм, ход поршня 40,4 мм, степень сжатия повышена до 11,8:1. Мощность - 59 л.с. при 12000 об/мин, крутящий момент - 38 Нм при 10500 об/мин. Выхлопная система - 4-в-2 (Suzuki Power-up Exhaust System, SPES) для улучшения тяги на средних оборотах. Установлены новые карбюраторы slingshot и 4-поршневые тормозные суппорта Tokico.
В 1989 году в название модели добавили букву R - GSX-R400R. Также выпускалась версия SP (Sports Production) с укороченной КПП, улучшенной подвеской и одноместным обтекателем.